漂浮式水上光伏也存在一些劣势：

①漂浮设备要求高：漂浮式水上光伏需要漂浮设备支撑光伏电池板，浮体架台对抗腐蚀性能、低密度、抗冻胀、抗风浪、寿命、承载能力等均要求较高。

②选址要求高：漂浮式水上光伏电场场址宜选在面积较广、径流稳定、风速低、光照条件好、水位变化较小、开发条件较好、无大规模航运、生态非敏感区等水域。

③不确定因素多：大风、水位、结冰等因素对其影响较大，同时需监测光伏组件对水质、水中鱼类、植物等有无不利影响。

④施工难度大：施工过程需考虑较多因素，水上作业很难大量使用重型机械等进行高效率施工，工序相对要求更多，工期也相应增长。需要潜水或在船上的作业很多。船上作业要考虑平衡性和安全性，也不能损坏水池堤坝等设施。